БНМАУ-ын Ардын Их Хурлын Тэргүүлэгчдийн 1967 оны 07-р сарын 10-ны өдрийн 203 тоот тогтоолоор эх баригч бага эмч бэлтгэх Анагаах Ухааны Дунд Сургуулийг Говь-Алтай аймгийн Алтай хотод байгуулах болсноор 1967 оны 10-р сарын 05-ны өдөр 5 багш, 80 сурагч, 3 анги, захиргаа аж ахуйн 15 ажилчинтай, 307 мянган төгрөгний төсөвтэй, хичээлийн 4 танхим, 50 сурагчийн дотуур байртайгаар сургалтын үйл ажиллагаагаа эхэлсэн юм. Ийнхүү тус сургууль Монгол улсын 19 дэх тусгай дунд сургууль болон үүсгэн байгуулагджээ.
1967-1968 оны анхны хичээлийн жилд Баян-Өлгий аймгаас 15, Говь-Алтай аймгаас 23, Завхан аймгаас 13, Ховд аймгаас 14, Увс аймгаас 15 сурагч элсэн оржээ. Сургууль байгуулагдсан анхны жилд 34 долоо хоног хичээллэн 4700 гаруй цагийн сургалт, хүмүүжлийн ажил явуулж, физик-математик, анатоми, химийн кабинетуудыг байгуулан дугуйлан, секцүүдийг хичээллүүлж, 1000 гаруй номтой номын санг байгуулжээ. Тус сургууль 1996 оны 1-р сараас эхлэн Засгийн Газрын шийдвэрийн дагуу аймгийн нэгдсэн эмнэлэгтэй нэгдэж Анагаах Ухааны Төв болон жил гаруй ажиллаад 1997 оны 5-р сард Гэгээрлийн сайд болон Эрүүл мэнд нийгмийн хамгааллын сайдын хамтарсан А/176/120-р тушаалаар АУИС-ийн харъяа Анагаах Ухааны Коллеж, 2003 оноос Боловсрол, соёл, шинжлэх ухааны сайдын тушаалаар ЭМШУИС-ийн харъяа Анагаах Ухааны Коллеж, 2014 онд АШУҮИС-ийн Говь- Алтай аймаг дахь салбар Анагаах Ухааны сургууль болж өргөжин хөгжсөн 56 жилийн түүхтэй сургууль юм. 1999 оноос багш, оюутны эрдэм шинжилгээний хурлыг жил бүр зохион байгуулж эмхтгэлийг хэвлүүлж байна. 2012 онд сувилахуйн боловсрол олон улсын эрдэм шинжилгээний хурлыг анх удаа сургууль дээрээ зохион байгуулжээ. Тус сургууль нь 1999 онд хөдөөгийн их, дээд сургууль, коллежуудаас анх удаа байгууллагын магадлан итгэмжлэлд орж 5 жилийн хугацаагаар сургалт явуулах эрх авч 2004, 2015 онд дахин магадлан итгэмжлэлд орж 10 жилийн хугацаагаар эрхээ сунгуулж батламж авсан байна. АШУҮИС-ийн Говь- Алтай аймаг дахь Анагаах Ухааны Сургууль нь хүний их эмч, сувилагч, эх баригч, лабораторийн техникч, эм найруулагч, уламжлалт анагаахын сувилагч зэрэг мэргэжилтнүүдийг төгсгөн гаргаж байна. Тус сургууль нь нийт 9000 орчим эмч, эмнэлгийн мэргэжилтнийг төгсгөж баруун бүсийн аймгуудын эрүүл мэндийг салбарын боловсон хүчнийг бэлтгэн ажиллаж байна. Одоо тус сургуульд нийт 1000 орчим оюутан суралцаж байна. Захиргаа, хяналт шинжилгээ үнэлгээний алба, санхүүгийн алба, сургалтын алба, оюутны алба, эмнэлгийн хөгжлийн алба, эрдэм шинжилгээ мэдээлэл технологийн алба болон Суурь шинжлэх ухааны тэнхим, Сувилахуйн тэнхим, Эмзүй, Био- Анагаахын, Эмнэлзүйн тэнхим гэсэн бүтэцтэйгээр үйл ажиллагаагаа явуулж байна. Тус сургууль нь 78 багш, ажилтан, албан хаагчдын бүрэлдэхүүнтэйгээр ажиллаж байна.
СУРГУУЛИЙН ҮЕ ҮЕИЙН ЗАХИРЛУУД